Project
Effecten van verschillende toedieningsroutes van antibiotica op microbioom/resistoom in mest
Dit project betreft een longitudinale studie naar de dynamiek van het resistoom in fecale monsters van kalveren die worden behandeld met, dan wel via hokgenoten blootgesteld worden aan, verschillende antibiotica.
De kalverhouderij gaat gepaard met een hoge infectiedruk, waardoor er relatief veel antibiotica behandelingen plaatsvinden en de prevalentie van (multi)resistente bacteriën hoog is. Het darmmicrobioom is een belangrijk reservoir voor antibiotica resistentiegenen. Dit zogenaamde resistoom wordt beïnvloed onder selectieve (antibiotica) druk. Doel van dit project is om beter inzicht te krijgen in de aanwezigheid van resistentiegenen in kalverfeces op populatieniveau, veranderingen in het resistoom als gevolg van (verschillende) behandelingen met antibiotica en de effecten van blootstelling via behandelde hokgenoten.
De monsterverzameling voor dit project is gekoppeld aan een bestaande dierproef die gericht is op het onderzoek naar verspreiding van antibiotica residuen. Hiervoor zullen ook residu metingen in dezelfde monsters plaatsvinden, waardoor uiteindelijk een unieke koppeling met het blootstellingsniveau mogelijk is.
Analyses zullen in samenwerking met WBVR worden uitgevoerd met een zgn. ResCap (Resistome Capture) techniek, een verrijkingsmethode specifiek gericht op bekende en veronderstelde resistentiegenen. Hiermee kunnen gevoelig en specifiek resistentiegenen worden gedetecteerd in een metagenoom, waardoor een veel hogere resolutie wordt verkregen vergeleken met het traditionele metagenoom shotgun sequencing.